新進展！Variabel系統面世，讓新冠變體無處可逃

面對棘手的疫情，如果研究人員能夠找到隱藏在SARS-CoV-2變異體中的細節，那就好辦了。

好消息是，萊斯大學喬治-R-布朗工程學院開發的一個新程序將使之成為可能，至少對于“宿主內變體”來說，即那些出現在同一新冠患者的變體。

由萊斯大學計算機科學家Todd Treangen和研究生Yunxi Liu領導的團隊開發了Variabel，Variabel使用低成本的納米孔測序技術來識別病毒感染后的宿主內變異。它能準確識別新冠病毒的“低頻變體”，從而在它們有機會傳播之前，識別潛在的破壞性變體。 

該實驗室在對感染埃博拉和諾瓦克病毒的病人的序列測序進行Variabel測試后同樣取得了成功。

研究人員聲稱，Variabel的關鍵是它能夠區分真正變體和測序錯誤。Variabel為宿主內部變異的測序打開了大門，這最終可能有助于發現未來特定的變異。

《自然·通訊》上詳細介紹了這個開源程序，可在https://gitlab.com/treangenlab/variabel上下載。

該研究論文題為"Rescuing low frequency variants within intra-host viral populations directly from Oxford Nanopore sequencing data"，已發表在《自然·通訊》期刊上。

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論文原文：https://www.nature.com/articles/s41467-022-28852-1

標簽： Variabel