總編輯圈點|當人工智能遇上“基因魔剪”：新模型實現精準RNA靶向和基因調控

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科技日報記者?張夢然

據發表在最新一期《自然·生物技術》雜志上的新研究，美國研究人員開發了一種人工智能模型，可預測RNA靶向CRISPR工具的脫靶活性。該模型可精確地設計向導RNA并調節基因表達，這些精確的基因控制可用于開發基于CRISPR的新療法。

圖片來源：《神經科學新聞》網站

美國紐約大學、哥倫比亞大學工程學院和紐約基因組中心研究人員進行的這項研究，將深度學習模型與CRISPR篩選相結合，以不同的方式控制人類基因的表達，類似于輕按電燈開關將其完全關閉，或通過調光旋鈕調低電燈亮度。

CRISPR基因編輯技術通常使用Cas9酶來靶向DNA。近年來，科學家發明了另一種類型的CRISPR，它使用Cas13酶來靶向RNA。研究人員此次創建了一個使用Cas13進行RNA靶向CRISPR篩選的平臺，以更好地了解RNA調控并識別非編碼RNA的功能。

該研究的一個關鍵目標是最大限度地提高RNA靶向CRISPR對預期靶標RNA的活性，并最大限度地減少可能對細胞產生有害副作用的其他RNA的活性。

研究團隊在人類細胞中進行了一系列RNA靶向CRISPR篩選。他們測量了20萬個針對人類細胞中必需基因的向導RNA的活性，包括“完美匹配”向導RNA和脫靶錯配、插入和缺失。

研究人員設計了一個深度學習模型TIGER（通過向導RNA設計靶向抑制基因表達），該模型根據CRISPR篩選的數據進行訓練。將深度學習模型生成的預測與實驗室的人體細胞測試進行比較，TIGER能夠預測在靶和脫靶活動，這也是人類擁有的第一個能預測脫靶的工具。

總編輯圈點：

RNA靶向CRISPR具有廣泛應用，包括RNA編輯、調低RNA阻斷特定基因的表達，以及確定候選藥物的高通量篩選。為了更好地掌握RNA調控與功能，科學家設計了TIGER脫靶預測，其通過部分抑制基因表達，實現精確調節基因劑量。在臨床上，這可能對諸多基因拷貝過多的疾病有用，例如唐氏綜合征、某些形式的精神分裂癥，甚至異常基因表達可能導致的癌癥。

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